而王敦也不是吃素的，你这边来瓦解我的权利，我这边也开始铲除你身边的人手，就这么一来二去的，这两帮人最后也是谁也没把谁给怎么样了。

后来直到公元324年开始，王敦的身体情况越来越差，而此时的王敦也开始意识到了现在自己根本就不可能再去推翻东晋王朝的政权了，于是王敦就打算孤注一掷的用武力去解决了这个问题。

而现在的司马绍也正式的下达了诏书开始讨伐王敦，此时的王导知道王敦现在的军事力量并不是司马绍的对手，所以王导现在又导向了司马绍这边。

而司马绍也很聪明的赦免了其他琅琊王氏的所有罪名，这就导致了现在的琅琊王氏，开始支持司马绍孤立王敦。

公元324年秋，王敦命令王含率水陆大军五万杀向建康，司马绍组织军队偷袭秦淮河的王含的部队，王敦听到王含失败之后就直接吐了一口血然后死了，享年五十九岁。

随后就是司马绍的大军一路势如破竹的攻打王敦的残余部队，王敦的手下王含、王应跑路到了州刺史王舒那里避难。结果没想到这位王舒居然来了一个大义灭亲，直接就宰了王含和王应。

到此为止，晋明帝司马绍彻底的剿灭了所谓的王敦之乱，并且司马绍还真是说话算数，不但是没有诛杀琅琊王氏，并且还结束了对王敦同党的追查。也因此，没有引起因为诛杀琅琊王氏而引发的社会动乱，并且还把王敦之乱的损失减到了最低的标准。

但是很可惜，因为晋明帝司马绍平定了王敦之乱不久之后就驾崩了，享年二十七岁，在位仅仅四年时间。